|
|
Nativní hyaluronan jako nosič hydrofobních léčiv
Černá, Eva ; Mravec, Filip (oponent) ; Pekař, Miloslav (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je zjistit, zda by bylo možné využít nativní formu kyseliny hyaluronové jako nosič hydrofobních léčiv pro cílenou distribuci v organismu. Svou strukturou je kyselina hyaluronová lineární vysokomolekulární biopolysacharid, který nacházíme ve většině živých organismů. V lidském těle se vyskytuje ve většině tkání, jeho vysokou koncentraci nacházíme zejména v pokožce a očním sklivci. Podílí se na mnoha fyziologických procesech a pro fungování celého organismu je hyaluronan nezbytný. Jeho vysoká koncentrace je také pozorována u rakovinných buněk, které obsahují několik receptorů pro hyaluronan. Mezi tyto receptory řadíme CD44 a RHAMM. Právě interakce nosičového systému kyseliny hyaluronové a hydrofobního léčiva s těmito receptory by mohla zajistit volný průchod pro léčivo do postižené tkáně, kde po uvolnění léčiva dojde k usmrcení postižených buněk. Léčivo by bylo tedy přímo cílené na poškozenou tkáň a nezatěžovalo by zbytek organismu, jak tomu v současné době bývá při léčbě cytostatiky. Jako nosič byla v této práci vybrána právě nativní forma kyseliny hyaluronové, kterou běžně najdeme v lidském organismu. Svými vlastnosti nevyniká nad ostatními nosičovými systémy, ale svou biokompatibilitou a biodegradabilitou v organismu je vysoce přesahuje. Jako nosič byla v práci využita vysokomolekulární kyselina hyaluronová a místo hydrofobního léčiva byla použita látka podobných vlastností, hydrofobní barvivo sudan red G.
|
|
|
Proteomic analysis of posttranslation modifications in breast cancer cell line profiles
Predná, Nikola ; Laštovičková,, Markéta (oponent) ; Strouhalová,, Dana (vedoucí práce)
Estrogen and progesterone receptors, as well as HER2 protein, are currently the most clinically useful metabolic markers in breast cancer. These markers allow for the determination of the type of tumor and its best treatment options. However, one of the most aggressive types of this disease, triple-negative breast cancer (TNBC), lacks these clinically established biomarkers. This means that hormone therapy or targeted drugs are not an option, leaving fewer treatment options to choose from. In order for new tailored drugs to be developed, the understanding of the molecular basis of the disease is crucial. Recently, many studies aim their search for biomarkers at the protein level using proteomics. Proteins, notably their post-translational modifications (PTM), are at the core of many cellular events and their uncovering may help in the understanding of breast cancer mechanisms.In order to discover the molecular features of TNBC, this study aims to compare proteomic data of untreated cancer cell lines with cells that underwent retinoid therapy. The focus will be on the PTMs, notably glycosylation and phosphorylation, of Vimentin and CD44, which were proposed as potential TNBC biomarkers in previous studies. Protein separation will be carried out using 1D and 2D gel electrophoresis or by SEC-HPLC. The samples will also be subdued to enzymatic cleavage before being identified using MALDI-TOF Mass Spectrometry. In the case of phosphoprotein selective capture, enrichment will be performed by affinity chromatography using TiO2 phosphopeptide enrichment tips (TopTip). Glycosylated proteins will be enriched using WGA lectin affinity based chromatography. Proteins with significant differences in PTMs between the treated and untreated cells will be evaluated using protein databases (MASCOT, STRING, and more). The data acquired from the study will eventually be used to propose potential biomarkers for TNBC.
|
|
|
Proteomic approach for the study of cancer cell line profiles.
Predná, Nikola ; Langová, Denisa (oponent) ; Strouhalová,, Dana (vedoucí práce)
Triple-negative breast cancer (TNBC), known to be an aggressive subtype of breast cancer, has a dismal prognosis and limited treatment options. As of now, chemotherapy is considered the main treatment option. In order for new effective drugs to be developed, it is crucial to understand the molecular basis of triple-negative breast cancer. As a result, a lot of research on potentially active agents for this particular type of breast cancer have been conducted. Recently, many studies on the matter are carried out using proteomics; a means of studying the proteomes of cancer cells. Cancer cells contain key differences in proteins that regulate the mechanisms of the cell. Eventually, mapping these mechanisms can allow to define the state of an organism. This thesis focuses on the proteomic study of TNBC cells and compares untreated cells with cells that have underwent retinoid therapy. Protein and peptide separation was successfully performed using 1D and 2D gel electrophoresis. In addition, the samples were subjected to enzymatic cleavage of selected proteins which were then identified using MALDI-TOF Mass Spectrometry (MS). Proteins playing a role in the process of epithelial–mesenchymal transition (EMT) were then quantified and compared between the samples.
|
|
|
Proteomic analysis of posttranslation modifications in breast cancer cell line profiles
Predná, Nikola ; Laštovičková,, Markéta (oponent) ; Strouhalová,, Dana (vedoucí práce)
Estrogen and progesterone receptors, as well as HER2 protein, are currently the most clinically useful metabolic markers in breast cancer. These markers allow for the determination of the type of tumor and its best treatment options. However, one of the most aggressive types of this disease, triple-negative breast cancer (TNBC), lacks these clinically established biomarkers. This means that hormone therapy or targeted drugs are not an option, leaving fewer treatment options to choose from. In order for new tailored drugs to be developed, the understanding of the molecular basis of the disease is crucial. Recently, many studies aim their search for biomarkers at the protein level using proteomics. Proteins, notably their post-translational modifications (PTM), are at the core of many cellular events and their uncovering may help in the understanding of breast cancer mechanisms.In order to discover the molecular features of TNBC, this study aims to compare proteomic data of untreated cancer cell lines with cells that underwent retinoid therapy. The focus will be on the PTMs, notably glycosylation and phosphorylation, of Vimentin and CD44, which were proposed as potential TNBC biomarkers in previous studies. Protein separation will be carried out using 1D and 2D gel electrophoresis or by SEC-HPLC. The samples will also be subdued to enzymatic cleavage before being identified using MALDI-TOF Mass Spectrometry. In the case of phosphoprotein selective capture, enrichment will be performed by affinity chromatography using TiO2 phosphopeptide enrichment tips (TopTip). Glycosylated proteins will be enriched using WGA lectin affinity based chromatography. Proteins with significant differences in PTMs between the treated and untreated cells will be evaluated using protein databases (MASCOT, STRING, and more). The data acquired from the study will eventually be used to propose potential biomarkers for TNBC.
|
|
|
Strukturní studie vybraných markerů lidské leukémie.
Pospíšilová, Klára ; Jílek, Petr (vedoucí práce) ; Skálová, Lenka (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biologických a lékařských věd Studijní obor: zbioanalytická chemie Kandidát: Klára Pospíšilová Vedoucí bakalářské práce: PharmDr. P. Jílek, CSc. Konzultant: RNDr. Pavlína Řezáčová, Ph.D., Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Název bakalářské práce: Strukturní studie vybraných markerů lidské leukemie Abstrakt: Stanovení imunofenotypu leukemických buněk je důležitá součást diagnostiky leukemií. Metoda průtokové cytometrie využívá k detekci imunofenotypu monoklonální protilátky, které reagují s antigenem exprimovaným buňkou. Antigen CD44 je jedním z řady CD znaků, které jsou v imunofenotypizaci leukemií používány. Strukturní studie antigenu CD44 a jeho ligandu, hyaluronátu, přinášejí nové poznatky o architektuře vazebného místa, což přináší možnost vytvořit strategie na ovlivnění vazby a tím i možnost terapeutických zásahů.
|
|
|
Biologické vlastnosti karcinomu vaječníku a jejich vztah k terapii
Bartáková, Alena ; Bouda, Jiří (vedoucí práce) ; Špaček, Jiří (oponent) ; Svoboda, Tomáš (oponent)
Strukturovaný souhrn Hypotéza studie Nádorové kmenové buňky jsou subpopulací nádorových buněk (Cancer stem cells - CSCs), která zodpovídá za metastazování tumoru, recidivu onemocnění a vznik chemorezistence. CSCs lze detekovat pomocí povrchových znaků imunohistochemicky. Důležitým povrchovým znakem CSCs je CD44 (standardní forma - CD44s). Předpokládáme, že CD44(s) by mohl být vhodným prognostickým markerem tumoru a možným markerem vzniku chemorezistence. Cíl studie 1. Vytvořit reprezentativní soubory vzorků primárního karcinomu ovaria a vzorků metastáz těchto tumorů, s odpovídajícím follow-up pacientek. 2. Ověřit na daném souboru zavedené prognostické faktory (věk, stadium onemocnění, histologický typ, stupeň diferenciace, pooperační nádorové reziduum) pro interval bez nemoci (DFI - disease free interval) a celkové přežití (OS - overall survival). 3. Zhodnotit expresi CD44 v primárním tumoru a v metastázách a zhodnotit její vzájemnou závislost v obou tkáních. 4. Zhodnotit vztah exprese CD44 k zavedeným prognostickým faktorům. 5. Zhodnotit expresi CD44 a její vztah k celkovému přežití, intervalu bez nemoci a chemorezistenci. Pomocí statistických analýz najít vhodnou hranici stanovení pozitivity CD44 pro prognózu OS, DFI a vzniku chemorezistence. Zhodnotit přínos metody pro praxi. Soubor a metodika Byla...
|
|
|
Understanding the interaction of antibodies and transcription factors with their ligands through structural biology
Škerlová, Jana
K pochopení funkce proteinu významně přispívá znalost jeho trojrozměrné struktury, obzvláště v případě komplexů s ligandy. Metody strukturní biologie, jako je rentgenová krystalografie, SAXS nebo NMR, jsou proto ve strukturní analyse interakcí proteinů s ligandy široce využívány. V této práci byly tyto metody využity k objasnění molekulární podstaty dvou biologických dějů využívajících proteinové interakce: rentgenostrukturní analysa byla použita ke studiu vazby efektorové molekuly k prokaryotnímu transkripčnímu faktoru, metody NMR a SAXS byly využity ke studiu interakce monoklonální protilátky s proteinovým antigenem. Transkripční regulátor DeoR negativně reguluje expresi katabolických genů pro utilizaci deoxyribonukleosidů a deoxyribosy v bakterii Bacillus subtilis. DeoR se skládá z N-koncové DNA-vazebné domény a z C-koncové efektor-vazebné domény (C-DeoR). Jeho funkce je regulována vazbou nízkomolekulárního efektoru deoxyribosa-5-fosfátu. Vyřešili jsme krystalové struktury C-DeoR ve volné formě a v komplexu s deoxyribosa-5-fosfátem. Strukturní analysa odhalila unikátní vazbu mezi molekulou efektoru a lysylovým zbytkem efektor-vazebného místa prostřednictvím reversibilní dvojné vazby typu Schiffovy base. Fysiologická relevance této vazby byla potvrzena mutačními experimenty a také analysou tvorby...
|
|
|
Targeting of Viral Nanoparticles to CD44 via Hyaluronic Acid
Hustedová, Anna ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Hubálek Kalbáčová, Marie (oponent)
Kyselina hyaluronová (HA) je testována jako agens cílící na rakovinné buňky nadměrně exprimující CD44. Mnohé typy nanopartikulí (NPs) byly využity k povrchové modifikaci pomocí HA. Viru podobné partikule myšího polyomaviru (VLPs) jsou zajímavou skupinou NPs. Kvůli zvýšení jejich potenciálu v rámci theragnostiky, mohou být VLPs modifikovány různými cílícími agens. HA však nebyla dosud testována jako cílící agens na VLPs, proto se tato práce zaměřuje právě na toto téma. HA (~14 kDa) byla připojena na VLPs skrze bispecifickou fluorescenční sondu odvozenou od Bodipy. Aby bylo možné otestovat cílící potenciál HA na srovnatelných nevirových NPs, byly podobným způsobem modifikovány nanodiamanty. NPs modifikované HA spolu s kontrolními variantami označenými Bodipy byly testovány na interakce s MDA-MB-231 buňkami nadměrně exprimujícími CD44. Interakce NPs s buňkami skrze CD44 byla zhodnocena pomocí kompetitivní vazebné eseje, kdy neznačená HA kompetovala s NPs o HA vazebná místa na CD44. CD44 specifické interakce byly detekovány v experimentech u HA modifikovaných nanodiamantů, zatímco VLP-HA* interagovaly s buňkami méně specificky. Kontrolní VLPs s polyethylenglykolem (PEG) s buňkami téměř neinteragovaly. Výsledky naznačují, že strategie cílení pomocí HA vyžaduje optimalizaci, aby bylo možné dosáhnout...
|
|
|
Proteomic approach for the study of cancer cell line profiles.
Predná, Nikola ; Langová, Denisa (oponent) ; Strouhalová,, Dana (vedoucí práce)
Triple-negative breast cancer (TNBC), known to be an aggressive subtype of breast cancer, has a dismal prognosis and limited treatment options. As of now, chemotherapy is considered the main treatment option. In order for new effective drugs to be developed, it is crucial to understand the molecular basis of triple-negative breast cancer. As a result, a lot of research on potentially active agents for this particular type of breast cancer have been conducted. Recently, many studies on the matter are carried out using proteomics; a means of studying the proteomes of cancer cells. Cancer cells contain key differences in proteins that regulate the mechanisms of the cell. Eventually, mapping these mechanisms can allow to define the state of an organism. This thesis focuses on the proteomic study of TNBC cells and compares untreated cells with cells that have underwent retinoid therapy. Protein and peptide separation was successfully performed using 1D and 2D gel electrophoresis. In addition, the samples were subjected to enzymatic cleavage of selected proteins which were then identified using MALDI-TOF Mass Spectrometry (MS). Proteins playing a role in the process of epithelial–mesenchymal transition (EMT) were then quantified and compared between the samples.
|
|
|
Vliv lipopolysacharidu a muramyl dipeptidu na lymfocyty mléčné žlázy jalovic
Kabourková, Eliška
Cílem práce bylo zjistit, zda intramamární aplikace bakteriálního toxinu lipopolysacharidu a muramyl dipeptidu jako strukturní jednotky peptidoglykanu ovlivňují apoptózu lymfocytů, expresi receptoru CD44 na lymfocytech a produkci zánětlivých cytokinů (TNF-alfa, IL-4, IL-10 a TGF beta-1) v průběhu zánětu mléčné žlázy. V experimentech byl použit lipopolysacharid bakterie E. coli o koncentraci 5 mikrog a syntetický analog muramyl dipeptidu o koncentraci 500 mikrog. Zánětlivá odpověď byla analyzována ve 4 časových bodech (24, 48, 72 a 168 hodin) po stimulaci mléčné žlázy na 8 klinicky zdravých jalovicích, kříženkách holštýnského a českého strakatého plemene. Jako kontrola byl použit pufrovaný fyziologický roztok. Laváže mléčných žláz byly analyzovány průtokovým cytometrem, kde byla stanovena apoptóza lymfocytů a pozitivita lymfocytů na CD44. Dále byly zjištěny koncentrace výše uvedených cytokinů metodou ELISA, a to ve stanovených časových bodech. Po vyhodnocení výsledků bylo zjištěno, že lipopolysacharid a muramyl dipeptid pravděpodobně vyvolávají apoptózu lymfocytů s maximem 48 hodin po stimulaci mléčné žlázy. Vysoká pozitivní korelace mezi apoptózou lymfocytů a expresí receptoru CD44 naznačuje účast tohoto receptoru v průběhu apoptózy lymfocytů. Naměřené koncentrace cytokinů nasvědčují o jejich účasti při ovlivnění apoptózy v průběhu zánětu mléčné žlázy.
|
host ::
RSS.